As actividades de investigação na UEM são financiadas pelo Estado Moçambicano, em parceria com as instituições de financiamento externas. O financiamento externo ocupa um lugar de destaque no apoio à totalidade de investigação praticada na UEM. Neste tipo de financiamento, as negociações dos contratos podem ocorrer directamente com as Faculdades, Escolas e Centros, através de financiamento de projectos singulares identificados nos departamentos, os quais, por via de acordos mútuos, são providenciados fundos pelas instituições financeiras ou de pesquisa externas. Esses projectos, geralmente, podem ser interdisciplinares, como, também podem incorporar a componente de formação do corpo académico.

 A segunda forma ocorre através de negociações promovidas a nível central com vista ao financiamento de fundos centrais para a investigação, que são geridos pela Direcção Científica. Estes fundos, na sua maioria são suportados pelos parceiros externos, servem para dinamizar a investigação científica na UEM, através de financiamento de grandes programas de investigação ou projectos individuais, publicações, participação em conferências, capacitação em metodologias de investigação, aquisição em manutenção de equipamentos laboratoriais, entre outras actividades. Actualmente, estão institucionalizados os seguintes fundos Centrais:

• Fundo de Investigação
• Fundo de Aquisição e Manutenção de Equipamentos
• Fundo de Pós-graduação

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